A 16. század elején X. Leó pápa a római Szent Péter székesegyház építési költségeinek egy részét a búcsúcédulák bevételéből kívánta fedezni, emellett a papság fényűző életet élt és a pápák világias életmódot folytattak. Ez felháborította az embereket, s először Luther Márton (1483-1546) 1517. október 31-én a wittembergi vártemplomban adott hangot elégedetlenségének, és új tanokat hirdetett: az ember egyedül Isten kegyelméből, a hit által nyerheti el a megigazulást, nincs szükség költséges egyházi szertartásokra. Emellett támogatta a szekularizációt (az egyházi birtokok világi kézbe adását), megkérdőjelezte a pápa hatalmát az egyházon belül, elvetette a szerzetességet. Hitet tett a két szín alatti áldozás és az anyanyelvű igehirdetés mellett is. Szerinte a hit és az egyház ellentmondásaiban csak a Biblia alapján lehet igazságot tenni, ezért lefordította német nyelvre, hogy hívei is olvashassák. Luther a katolikus hét szentségből csak kettőt tartott meg (keresztség, úrvacsora), mivel a Bibliában csak e kettő szerepel. Luther követői az evangélikus nevet kapták.
A pápa elutasította Luther tanait és kiátkozta. V. Károly meghallgatván Luthert, szintén veszélyesnek tartotta a reformátort és eretneknek nevezte. Luthernek Bölcs Frigyes adott menedéket Wartburg várában. 1529-ben a speyeri birodalmi gyűlésen kimondták, hogy Luther követői megmaradhatnak hitükön, de nem terjeszthetik azt. A lutheránusok protestáltak (tiltakoztak) a döntés ellen, ezért kapták a protestáns nevet. A protestáns fejedelmek létrehozták a schmalkaldeni szövetséget, melynek célja az egyházi birtokok elfoglalása és a kolostorok megszűntetése volt. A fejedelmek és a császár között kitört a háború. V. Károly sikereket ért el, s 1555-ben megkötötték az augsburgi vallásbékét, melynek értelmében a fejedelmek szabadon választhattak vallást (akié a föld, azé a vallás), és alattvalóiknak is követni kellett őket. A vallásbéke csak a Német-római Birodalom területére, valamint csak az evangélikus vallás elfogadására vonatkozott.
Luther követői között akadtak szélsőségesek is, például Münzer Tamás, akinek a vezetésével megalakult az anabaptisták (újrakeresztelők) irányzata. Ők az államhatalom megszűntetését és vagyonközösséget követeltek. A parasztok tömegei saját vágyaikat olvasták ki a reformációból, ami az 1524-26-os parasztfelkeléshez vezetett, ám ezt a fejedelmek leverték.
Néhány évvel Luther fellépése után 1523-ban a svájci Ulrich Zwingli is összefoglalta tanításait. Fellépett az egyházi hierarchia, a szentmise és a cölibátus ellen, követelte az anyanyelvű igehirdetést, a két szín alatti áldozást, a szekularizációt és vitás kérdésekben a Bibliát tekintette döntőnek. Vallotta, hogy Isten a világ abszolút ura, vagyis a jó és a rossz egyaránt az ő akaratától függ. 1529-ben találkozott Lutherrel, és hosszas viták után 15 pontban egyeztették nézeteiket. Zwingli és hívei fegyverrel is tanaik terjesztésébe fogtak, 1531-ben megtámadták a katolikus kantonokat, de Zwingli elesett a harcokban. Halála után hívei megegyeztek Kálvinnal, hogy egységesen léphessenek fel a katolikusok ellen.
Kálvin János 1541-ben Genf prédikátora lett, tanai „A keresztény vallás tanítása” (Institutio) címen jelentek meg, s később teológiai akadémiát is alapított. Kálvin az imát, a közös éneklést, valamint a prédikációt helyezte előtérbe, egyszerű és szegény egyházat hozott létre, templomaiban semmiféle képet nem tűrt meg. Kálvin szerint Isten hatalma végtelen, s az emberek sorsát a mindenható eleve elrendelte (=predestináció), így sorsuk cselekedeteiktől függetlenül az üdvösség vagy a kárhozat. A munkát, a polgári erényeket megbecsülte, követendővé tette. Szerinte a vagyont nem az élet élvezetére kell fordítani, hanem a közösség és az egyén javára újra befektetni. Az uzsorát tiltotta, de a kamatra kölcsönzést elfogadta. A kálvini (=református) egyház elvetette a hierarchiát, így az egyes közösségek lazán kötődtek egymáshoz. A hitközségek életében szerepet kaptak a világiak is: a presbiterek (világi egyházfelügyelők) e prédikátorokkal (papokkal) együtt vettek részt az egyház vezetésében. A kálvinizmus Svájc, Franciaország, Németalföld, Skócia, Anglia és Magyarország lakói közt terjedt el.
Az antitrinitáriusok tagadták a Szentháromságot, azaz Jézus isteni természetét és a Szentlélek létezését. Szerintük Jézus Isten fia volt, de emberré lett, és kereszthalála csak az emberi áldozatvállalás példája. Legjelentősebb képviselőjük a spanyol Szervét Mihály volt. Ő hitvitát folytatott Kálvinnal, de mivel Isten hármas természetének kérdésében nem tudtak megegyezni, a genfi tanács Szervétet kivégeztette. Az üldözött antitrinitáriusok Lengyelországban és Magyarországon találtak menedéket, Erdélyben szerveződött meg az unitárius egyház, mert Erdélyben az 1562-es tordai országgyűlésen kimondták a vallásszabadságot.
Az anglikán egyházat VIII. Henrik alapította, mikor a pápa nem hagyta jóvá, hogy elváljon feleségétől, Aragóniai Katalintól. Emiatt az uralkodó szakított Rómával, pedig nem volt híve a reformoknak, sőt fiatal korában Luther ellen könyvet is írt, ami miatt elnyerte a pápától „a hit védnöke” címet is. Végül az angol parlament dolgozta ki az anglikán egyház alapelveit, melyben az angol király lett az egyházfő (1529-1534). A canterburyi érsek vezetésével fenntartották az egyházi hierarchiát, de a főpapokat a király nevezte ki. Nemzeti nyelvű igehirdetést vezettek be. A kolostorokat feloszlatták, vagyonuk a királyra szállt. Elvetették a szentek és az ereklyék tiszteletét, így a templomok vagyona is a kincstárba került. A szakítás ellenére azonban az anglikán egyház alapvetően nem szakított a katolikus szertartásokkal és dogmákkal.
A reformáció tanainak terjedéséhez nagymértékben hozzájárult a könyvnyomtatás, ennek segítségével terjesztették tömegesen az anyanyelvű Bibliákat és a hitviták röplapjait. A reformátorok nagy jelentőséget tulajdonítottak a közös éneklésnek, ezt szolgálták a nyomtatott kották. A reformátorok nagy fontosságot tulajdonítottak az iskoláztatásnak, mert képzett lelkipásztorokra, hitvitázókra volt szükségük.
A katolikus vallás hívei mozgalmat indítottak egyházuk megtisztítására (=katolikus megújulás, ellenreformáció). III. Pál pápa felhasználta világi hatalmát, diplomáciai kapcsolatait és a pápai vagyont a katolicizmus megmentéséért. 1540-ben III. Pál jóváhagyta a Loyolai Szent Ignác által alapított jezsuita rend működését. Az új rend célja a keresztény hit terjesztése volt. Szervezetük élén a generális állt, aki tagjaitól fegyelmet, engedelmességet követelt. A jezsuiták lettek a pápaság diplomatái, a királyok és fejedelmek gyóntatói. Felismerték az oktatás fontosságát, és magas színvonalú iskolahálózatot hoztak létre. Újra felállították az inkvizíció intézményét Szent Hivatal néven 1542-ben, mely katolikus területeken működött.
Tridentben 1545 és 1563 között ülésezett az a zsinat, melynek témája a reformációs mozgalom megállítása volt. Megpróbálták orvosolni a problémákat, pl. megtiltották a búcsúcédulák árusítását, kimondták az egyházi méltóságok halmozásának tilalmát. Azonban nem mondtak le a pápa egyházfőségéről, a szerzetességről, a szentségekről és a szentek tiszteletéről.
- Pál pápa utasítására 1559-ben összeállították az Indexet, a tiltott könyvek jegyzékét. A reformok eredményeképp a reformáció terjedése megállt, Franciaországban, Csehországban, Ausztriában és Magyarországon a katolicizmus visszaszerezte tekintélyét.
Barokk: a katolicizmus megújulásával együtt született új korstílus. A 16. század eseményei az embereket és a művészeket a hit felé fordították, valamint a katolikus egyház a művészetet a hit erősítésére és ösztönzésére szolgáló eszköznek látta. Ezért ösztönözték a művészeket az érzelmekre, érzékekre ható alkotások alkotására. Sorra épültek a gazdagon díszített templomok, a pompás kastélyok, paloták, születtek a zenei és képzőművészeti alkotások. Az irányzatot az érzelmi túlfűtöttség, a változatosság jellemzi. Pl. a jezsuiták római temploma az Il Gesú.