1699-ben a karlócai béke értelmében véget ért a török hódoltság. Erdély ura I. Lipót lett, akinek politikája sokakból ellenállást váltott ki, mert felállította a jóvátételi bizottságot, mely igazoló okmány ellenében a korábban a török hódoltsághoz tartozó felszabadult területek visszakapható voltak, ám nagyon kevesen tudták visszaváltani földjeiket. 1697-ben a háborús szenvedések és I. Lipót politikája miatt Tokaj-hegyalján lázadás robbant ki, melyet a császári haderő levert. Hegyalján elsősorban a pórnép lázadt fel, a rendi sérelmek azonban a nemesség körében is elégedetlenségekhez vezettek. Bercsényi Miklós indította el a szervezkedést megnyerve az ügynek II. Rákóczi Ferencet, az ország legnagyobb birtokosát is. Rákóczi látta, hogy az elégedetlenség önmagában nem elég, segítségre van szükség, ezért kapcsolatot keresett a franciákkal, és a többi európai uralkodóházzal is, azonban kitérő válaszokat kapott, mert egy törvényes uralkodó ellen nem nyújthattak segítséget, majd Rákóczit le is leplezték és elfogták. Megszökött, s Lengyelországba menekült. A spanyol örökösödési háború (1701-1714) következtében a császári hadsereget szinte teljesen kivonták az országból, s ismét emelték az adókat.
Spanyol örökösödési háború: II. Károly spanyol király halálával kihalt a Habsburgok spanyol ága. Végrendeletében XIV. Lajos unokáját, Fülöpöt tette örökösévé. A franciáktól megrettenő Anglia, Hollandia, Savoya és Portugália az osztrák Habsburg Károly mögé állt, ezzel kitört a háború (1701-14). Az 1704-es höchstadti csatában az osztrák és angol seregek győztek, s ez fordulópontot jelentett. 1711-ben meghalt I. József, az osztrák király, így Károly szintén két birodalmat egyesített volna, ezért Anglia kilépett a szövetségből. A harcokba belefáradt országok 1712-ben béketárgyalásokba kezdtek. Fülöpöt elismerték spanyol királynak, de nem egyesíthette Franciaországgal, cserébe területeket engedett át Angliának és Ausztriának. Emellett ekkor folyt az északi háború is, melynek során I. Péter orosz cár a svédektől hideg tengeri, a törököktől pedig meleg tengeri kikötőket akart megszerezni.
- Rákóczi Ferenc elfogadta a Brezánba érkező felső-Tisza-vidéki lázadó nép követeinek ajánlatát, s a mozgalom élére állt. 1703 tavaszán kiadta a brezáni kiáltványt, melyben a nemesekhez szólt, ám azok nem voltak hajlandóak együttműködni a parasztsággal, mert a nemesség a mozgalomban parasztlázadást látott, s szétverték a felkelőket. Rákóczi azonban intézkedéseivel enyhíteni próbálta az ellentéteket. Kiadta a vetési pátenst, melyben a hadba lépő katonáknak és családtagjaiknak az állami és földesúri szolgáltatások alól mentességet ígért. A gyalui pátensben pedig tiltotta a nemesség, a kastélyok elleni fellépéseket, és erősítette a fegyelmet a hadirendtartás kiadásával. Ezek hatására a nemesség zöme csatlakozott a mozgalomhoz. A kuruc csapatok gyorsan elfoglalták a Felvidéket, a Tiszántúlt és a Duna-Tisza-közét. A szabadságharc sorsa azonban nem itthon, hanem 1704 nyarán Höchstadtnál dőlt el, ahol a francia csapatok vereséget szenvedtek az osztrák és angol csapatoktól. Így a szabadságharc célja már csak a rendi jogok biztosítása lehetett, a függetlenség nem.
Rákóczit az erdélyi rendek 1704-ben fejedelmükké választották. 1705-ben a szécsényi országgyűlésen a magyarországi rendek (nemesek, jászok, kunok, hajdúk, vitézlő rend) szövetséget kötöttek és Rákóczit választották vezérlő fejedelmükké, aki mellé 24 tagú szenátust rendeltek, akinek tagjait Rákóczi nevezte ki. Így az államforma rendi konföderáció lett. A katonának álló jobbágyokat és közvetlen családtagjaikat mentesítették az állami és földesúri szolgáltatások alól, s a küzdelemben végig kitartóknak hajdúszabadságot ígértek. A kuruc sereg létszáma így közel 70000 főre emelkedett. Szekszárdi vonatkozás: Bottyán János 1707-re az egész Dunántúlt felszabadította a Habsburg uralom alól. Engedélyezték a 3 nagy felekezet szabad működését.
Az ónodi országgyűlésre 1707-ben sűrűsödő gondok közepette került sor: a nemesség egy része szembefordult a fejedelemmel szabadságjogaik sérelme miatt (adómentesség, rendi jogok stb.), a parasztság harci kedve pedig alábbhagyott az elhúzódó háború miatt. Az ellenzéket azonban megfélemlítették, az országgyűlés pedig megszavazta az adókat, amit a nemesekre is kivetettek. A rendek az I. Lipót halála után trónra lépő I. Józsefet (1705-11) és a Habsburg-házat megfosztották trónjától. A detronizációtól a kuruc állam nemzetközi elismerését remélték, és lehetetlenné kívánták tenni a megegyezést a dinasztiával.
1708-ban a kuruc főerőket a császáriak Trencsénnél legyőzték, ezért a kurucok jelentős része nem tért vissza a zászlók alá, lecsökkent a kuruc haderő és az általuk ellenőrzött területek nagysága is. A fejedelem az 1708-as sárospataki országgyűlésen a jobbágyságot a hajdúszabadság ígéretével próbálta megnyerni, a parasztság zöme azonban már nem bízott a győzelemben. Az utolsó eredmény 1710-ben Romhánynál volt. Őszre a szabadságharc Északkelet-Magyarországra szorult vissza. Szétzilálta a csapatokat a pestisjárvány.
A nemzetközi helyzet is kedvezőtlenné vált, a franciák malplaquet-i veresége a spanyol örökösödési háború utolsó, befejező szakaszának volt kezdete. XIV. Lajos nyíltan tudatta Rákóczival, hogy beszünteti a magyar mozgalom támogatását. A kuruc diplomácia kísérletet tett az oroszok megnyerésére. 1707-ben Varsóban Rákóczi és I. Péter cár szerződést kötött, de az oroszok számára a magyar mozgalom csak eszköz volt a svédekkel szemben, később pedig a törökkel kötendő béke elősegítését remélték ettől a kapcsolattól, azonban a Habsburg Birodalommal szemben új frontot nyitni nem állt érdekükben.
- József hajlott a magyarokkal való kompromisszumra. 1711. május 1-jén a majtényi síkon a kuruc hadak letették a fegyvert, a szatmári béke pedig amnesztiát adott a résztvevők számára, ha esküt tettek a Habsburgok mellett. Emellett ígéretet tettek az alkotmány visszaállítására, a szabad vallásgyakorlásra, és az országgyűlés összehívására. A rendeket sértő idegen intézményeket és méltóságokat megszüntették. A kuruc mozgalom biztosította, hogy Magyarország elkerülje a csehek Fehér-hegy utáni sorsát (örökös tartomány lett a csehekből), Magyarországon fennmaradt a rendi dualizmus. Rákóczi társaival Törökországban, Rodostóban telepedett le, nem kértek a kegyelemből.